Treffer: Untersuchung von Nukleinsäuren mit Hilfe von neuen Simulationsmethoden ; Investigation of nucleic acids by advanced sampling methods

In dieser Arbeit wurde ein Verfahren entwickelt mit dem der Konformationsraum von Nukleinsäuren effizient abgetastet werden kann. Neben unterschiedlichen DNA-Schäden wurden auch Konformationsräume von gepaarten Nukleotiden innerhalb der RNA Doppelhelix (RNA-Bulge-Strukturen) untersucht. Zudem wurden freie Energierechnungen an Dangling-End-Strukturen durchgeführt. Dangling-End Basen sind überhängende Basen am Terminus einer Nukleinsäure, die keinen Watson-Crick Partner besitzen und einen stabilisierenden Einfluss auf den Doppelstrang haben. ; A new, advanced sampling replica-exchange method has been developed to study nucleic acid structures. The application to DNA damage structures indicated a better convergence of sampled states in comparison to longer standard MD simulations for both cases. In addition RNA bulge structures were examined by BP-REMD. Furthermore, Umbrella-Sampling simulations of dangling nucleotides at the end of duplex and single stranded RNA and DNA molecules were used to investigate the molecular origin of dangling end effects.