Treffer: Improving lipid mapping in Genome Scale Metabolic Networks using ontologies
Title:
Improving lipid mapping in Genome Scale Metabolic Networks using ontologies
Authors:
Poupin, Nathalie, Vinson, Florence, Moreau, Arthur, Batut, Aurélie, Chazalviel, Maxime, Colsch, Benoit, Fouillen, Laetitia, Guez, Sarah, Khoury, Spiro, Dalloux-Chioccioli, Jessica, Tournadre, Anthony, Le Faouder, Pauline, Pouyet, Corinne, van Delft, Pierre, Viars, Fanny, Bertrand-Michel, Justine, Jourdan, Fabien
Contributors:
Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Communauté d'universités et établissements de Toulouse (Comue de Toulouse)-Communauté d'universités et établissements de Toulouse (Comue de Toulouse)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Communauté d'universités et établissements de Toulouse (Comue de Toulouse)-Communauté d'universités et établissements de Toulouse (Comue de Toulouse)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Communauté d'universités et établissements de Toulouse (Comue de Toulouse)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Communauté d'universités et établissements de Toulouse (Comue de Toulouse)-Communauté d'universités et établissements de Toulouse (Comue de Toulouse)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Communauté d'universités et établissements de Toulouse (Comue de Toulouse)-Communauté d'universités et établissements de Toulouse (Comue de Toulouse)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), MetaToul Lipidomics, Institut des Maladies Métaboliques et Cardiovasculaires (I2MC), Communauté d'universités et établissements de Toulouse (Comue de Toulouse)-Communauté d'universités et établissements de Toulouse (Comue de Toulouse)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Communauté d'universités et établissements de Toulouse (Comue de Toulouse)-Communauté d'universités et établissements de Toulouse (Comue de Toulouse)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Communauté d'universités et établissements de Toulouse (Comue de Toulouse)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Communauté d'universités et établissements de Toulouse (Comue de Toulouse)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Communauté d'universités et établissements de Toulouse (Comue de Toulouse)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Communauté d'universités et établissements de Toulouse (Comue de Toulouse)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), MedDay Pharmaceuticals, Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS), Université Paris-Saclay-Institut des Sciences du Vivant Frédéric JOLIOT (JOLIOT), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire Innovations en Spectrométrie de Masse pour la santé (LI-MS), Service de Pharmacologie et Immunoanalyse (SPI), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Paris-Saclay-Institut des Sciences du Vivant Frédéric JOLIOT (JOLIOT), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-IDF, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-MetaboHUB-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-MetaboHUB-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), CEA- Saclay (CEA), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Université Paris-Saclay, MetaboHUB-IDF, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-MetaboHUB-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire de biogenèse membranaire (LBM), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plateforme Bordeaux Metabolome, Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Bordeaux, MetaboHUB-MetaboHUB, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), This work was supported by the French Ministry of Research and National Research Agency as part of the French MetaboHUB, the national metabolomics and fluxomics infrastructure (Grant ANRINBS-0010) and by PhenoMeNal project, European Commission’s Horizon 2020 program (Grant Agreement No. 654241). AM was funded by INRA Human Nutrition division (project Halomics coordinated by Nicolas Cabaton). MC is unded by MedDay Pharmaceuticals, ANR-11-INBS-0010,METABOHUB,Développement d'une infrastructure française distribuée pour la métabolomique dédiée à l'innovation(2011)
Source:
Metabolomics. 16(4)
Publisher Information:
CCSD; Springer Verlag, 2020.
Publication Year:
2020
Collection:
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Subject Terms:
Original Identifier:
PUBMED: 32215752
PUBMEDCENTRAL: PMC7096385
WOS: 000522031500001
HAL: hal-02935172
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Document Type:
Zeitschrift
article<br />Journal articles
Language:
English
ISSN:
1573-3882
1573-3890
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Relation:
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/10.1007/s11306-020-01663-5; info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/32215752
DOI:
10.1007/s11306-020-01663-5
Access URL:
Rights:
info:eu-repo/semantics/OpenAccess
URL: http://creativecommons.org/licenses/by/
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Accession Number:
edshal.hal.02935172v1
Database:
HAL
Weitere Informationen
Introduction To interpret metabolomic and lipidomic profiles, it is necessary to identify the metabolic reactions that connect the measured molecules. This can be achieved by putting them in the context of genome-scale metabolic network reconstructions. However, mapping experimentally measured molecules onto metabolic networks is challenging due to differences in identifiers and level of annotation between data and metabolic networks, especially for lipids.Objectives To help linking lipids from lipidomics datasets with lipids in metabolic networks, we developed a new matching method based on the ChEBI ontology. The implementation is freely available as a python library and in MetExplore webserver.Methods Our matching method is more flexible than an exact identifier-based correspondence since it allows establishing a link between molecules even if a different level of precision is provided in the dataset and in the metabolic network. For instance, it can associate a generic class of lipids present in the network with the molecular species detailed in the lipidomics dataset. This mapping is based on the computation of a distance between molecules in ChEBI ontology.Results We applied our method to a chemical library (968 lipids) and an experimental dataset (32 modulated lipids) and showed that using ontology-based mapping improves and facilitates the link with genome scale metabolic networks. Beyond network mapping, the results provide ways for improvements in terms of network curation and lipidomics data annotation.Conclusion This new method being generic, it can be applied to any metabolomics data and therefore improve our comprehension of metabolic modulations.